В синагогах, появление которых, по мнению учёных, относится ко времени разрушения Первого Храма (586 г. до н. э.), была создана символическая замена Ковчегу Завета.Первоначально подобное хранилище было либо в виде ниши, либо в виде переносного шкафа, который помещали в такую нишу. В Мишне и Талмуде шкаф для свитков Торы называется тева (ивр. תבה), а ниша, в которую он помещался — хейхал (букв. чертог).
Существует многовековая традиция изготовления и украшения ковчега:
На ранних изображениях такого ковчега отчётливо видны внутренние отделения, в каждом из которых хранится в горизонтальном положении свиток.
В XII веке, по-видимому, уже существовали синагогальные ковчеги, имевшие форму шкафа, в которых свитки Торы помещались вертикально, как в наше время. На миниатюрах рукописей XIV—XV веков испанского, итальянского и немецкого происхождения появляются изображения подобного двухъярусного шкафа, в верхнем ярусе которого хранились свитки, в нижнем — ритуальная утварь.
Образцом оформления в стиле эпохи Ренессанса может служить двухъярусный с росписью ковчег из Урбино (1550).
В XVII веке в голландских синагогах на верхней части ковчега стали помещать изображение Скрижалей Завета, на которых высечены два первых слова каждой из Десяти заповедей.
В XVII веке в Голландии и Германии начала XVIII века все ковчеги изготовлялись в барочном стиле: с колоннами, пилястрами, фронтонами и вазами. Оттуда этот стиль вскоре проник и в Восточную Европу. Где на ковчеге изображались львы, птицы, дельфины, орлы и олени.
Ковчеги в мавританском стиле (купола, разноцветный геометрический орнамент) сооружались с середины XIX века.
Несмотря на различия в декоративном стиле, все ковчеги имеют общие элементы:
искусно вышитая золотыми, серебряными и шёлковыми нитями по бархату или шёлку завеса парохет (ивр. פָרֹכֶת), которая символизирует парохет Святая святых Храма;
нер тамид (ивр. נֵר תַּמִיד, букв. «постоянный светильник»), в память о храмовой меноре, которая должна была гореть всю ночь возле парохет и также называлась нер тамид.
сами свитки Торы, которые также богато украшаются;
часто по бокам стоят колонны, называемые Яхин и Боаз, которые напоминают о колоннах при входе в святилище Храма Соломона;
в некоторых случаях над парохет помещают полосу из материи, которая должна напоминать крышку Ковчега Завета — капорет.К классическим мотивам арки Ковчега относятся также корона, скрижали, пара ревущих львов — символ колена Иегуды и власти Всевышнего, Маген Давид, Менора, а также Древо жизни.Арон а-кодеш в синагогах диаспоры всегда обращён к Земле Израиля, в Израиле — к Иерусалиму, а в самом Иерусалиме — к Храмовой горе. В большинстве современных еврейских общин, находящихся к западу от Земли Израиля, Ковчег стоит у восточной стены синагоги. Место у Ковчега, и с ним вся восточная сторона (Мизрах) считаются в синагогах самыми почётными. У Ковчега молится кантор, перед Ковчегом выступает с речами и раввин.В старину евреи верили, что арон а-кодеш обладает чудодейственными свойствами. Иногда женщины произносили молитвы о здоровье детей или заболевших родственников, держась за завесу арон а-кодеш. Распространён был также обычай, раскрыв дверцы ковчега и положив голову между свитками Торы, вознести личную мольбу (об исцелении тяжелобольного, избавлении от угрожающей опасности, и т. п.). И в наши дни молитвы, имеющие особо важное значение, произносятся перед раскрытым Ковчегом, который символизирует открытые небесные врата. Когда дверцы ковчега открыты, молящиеся обычно стоят. Открытие и закрытие Ковчега считается важным обрядом. Вынос Торы сопровождается чтением библейских стихов «И было, когда Ковчег продвигался…» (Чис. 10:35).